Il Comune di Alberobello, con l'approvazione del Piano Regolatore Generale, avvenuta nel 1980, si propose una serie di obbiettivi amministrativi, tesi alla salvaguardia, alla conservazione e al recupero funzionale del patrimonio edilizio a trulli, che rappresenta la risorsa principale di questo paese.
Uno degli scopi prioritari è stato, e lo è tuttora anche se mancano i finanziamenti adeguati, quello dell'acquisizione di immobili a trullo di particolare interesse architettonico e storico - artistico, in grave stato di abbandono.
In quest'ottica, nel lontano 1987, l'Amministrazione, essendo ancora in vigore la L.R. 72/79, decise di acquisire un gruppo di immobili a trullo di particolare interesse storico-artistico, in stato di totale abbandono, ubicati tra piazza XXVII maggio, piazza Mario Pagano e Via Lamamora, in una zona centrale dell'abitato che fa da cerniera tra il centro storico monumentale di Aia Piccola ed il centro storico ambientale di piazza del Popolo. Detto complesso è denominato "Casa Pezzolla", nome derivante dai proprietari.
Con l'individuazione del complesso si pensò di dare a quel contenitore una destinazione tale che potesse essere fruito ed usato come bene culturale, e perciò si pensò di destinarlo a sede di un museo, che dapprima fu denominato "Museo del Trullo e delle tradizioni locali" e successivamente "Museo del Territorio".
Pertanto oggi ci troviamo di fronte un manufatto con valenza molto alta nel contesto urbanistico del tessuto edilizio e nella storia di Alberobello. Esso rappresenta l'involucro che racchiuderà e conserverà tutte le testimonianze delle tradizioni alberobellesi.
Il Museo del territorio è stato concepito non come un semplice ed inerte raccolta di oggetti, ma come un immobile custode di memorie, e secondo le intezioni di coloro che lo hanno progettato e voluto, sarà una "macchina", un organismo pulsante di vita; esso aspira infatti a diventare un vero e proprio laboratorio di idee ed un luogo per lo scambio di esperienze tra i singoli individui e le diverse generazioni.
Infatti, come meglio si esplicherà in seguito, all'interno di questo Museo, denominato "Museo del Territorio", saranno esposti tutti quegli oggetti raccolti intorno agli anni '70 dal gruppo dei giovani dell'associazione "Il Trullo" del Centro Turistico Giovanile operante in seno alla parrocchia di Sant'Antonio che insieme alle autorità locali dell'epoca dettero vita al "Museo dell'arte contadina" di Alberobello, nei locali appartenenti alla diocesi, in via Monte Pertica.
Dopo parecchie vicissitudini e per una combinazione fortuita, il Comune di Alberobello, grazie a un finanziamento di £. 10.000.000 offerti dal Rotary Club, distretto di Putignano, è riuscito a reperire predetti oggetti appartenuti alla comunità alberobellese partecipando ad un'asta pubblica ed acquistandoli.
Infatti con nota del 26.03.1998 si chiedeva alla Sezione Fallimentare del Tribunale di Bari di poter acquistare tutti gli oggetti custoditi nell'ex Museo della Civiltà Contadina rientranti in un'azione fallimentare, e pertanto, con detto contributo del Rotary fu acquistato il materiale e furono pagate parzialmente le opere di restauro degli oggetti.