L'esigenza di istituire l'Ufficio del Centro Storico non nasce con l'iscrizione di Alberobello nella Lista del Patrimonio dell'Umanità, avvenuta il 7 dicembre del 1996, ma sorge nei lontani anni ottanta, quando, dopo l'approvazione del Piano Regolatore Generale si iniziò a porre attenzione alla tutela del centro storico, che era il primo obiettivo del nuovo strumento urbanistico.
Per perseguire la tutela dei trulli si rese necessaria una vasta azione di conoscenza dell'edificato storico, che si concretizzò in un rilevamento puntuale di tutta la zona storica Monumentale, nello studio della formazione del tessuto edilizio e nella codifica delle tecniche del restauro, in maniera particolare delle coperture; queste azioni di ricerca avrebbero portato alla predisposizione di tutta la cartografia alla base della redazione dei Piani di Recupero.
Per consentire la realizzazione di queste operazioni senza porre intralcio al lavoro degli altri settori, in seno all'Ufficio Tecnico fu costituito l'Ufficio del Centro Storico che, pur essendo diventato nel tempo un Ufficio autonomo, ha sempre mantenuto costanti rapporti di collaborazione con gli atri settori. Nello specifico, i compiti dell'Ufficio sono:

• istruttoria dei progetti relativi al recupero degli immobili a trulli di proprietà privata ricadenti nel centro storico ed in tutto l'abitato;
• controllo dei cantieri di restauro privati e pubblici e verifica dei canoni del restauro dei trulli;
• redazione di progetti di recupero di immobili di proprietà comunale;
• organizzazione di tirocini per studenti laureandi nelle università italiane e non e tirocini per laureati;
• monitoraggio del Piano di Gestione, previsto dalla Convenzione UNESCO ai fini della promozione della conservazione, valorizzazione e gestione sostenibile del Centro Storico di Alberobello ed attualmente in fase di redazione;
• individuazione concertata di linee guida e progetti comuni d'azione da inserire nel Piano di Gestione;
• promozione, realizzazione e coordinamento di studi e ricerche sulla storia della città, del territorio e del patrimonio Monumentale.

Con l'emanazione della Legge 77/2006, che recepisce specifiche indicazioni del Centro per il Patrimonio Mondiale UNESCO, il Ministero per i Beni Culturali ed Ambientali ha richiesto a tutti i siti Italiani inseriti nella Lista del Patrimonio Mondiale UNESCO la redazione del piano di Gestione.
Il Comune di Alberobello, per rispondere a questa nuova esigenza, ha conferito l'incarico della redazione del Piano di Gestione all'Associazione SiTI - Istituto Superiore sui Sistemi Territoriali per l'Innovazione, operante a Torino. SiTI è un'Associazione senza scopo di lucro, costituita nel settembre 2002 tra Politecnico di Torino e Compagnia di San Paolo, che produce ricerca e formazione orientate alla sostenibilità dell'innovazione e della crescita socio-economica. È una struttura con forte connotazione interdisciplinare, specificamente dedicata ai sistemi territoriali, che si propone di rispondere a problemi complessi puntando sull'integrazione delle conoscenze disponibili nel Politecnico e nell'Università di Torino, raccordandole con altri centri di eccellenza a livello nazionale e internazionale. A tale scopo si avvale di ricercatori interni, specializzati in ambiti tematici differenti, che, sotto la guida di un Comitato Scientifico e di un Comitato Tecnico di Direzione, apportano il loro contributo a progetti innovativi, rendendo SiTI un Istituto di eccellenza nell'ambito dell'integrazione delle competenze.